Tháng 6 năm 1399, Louis, Công tước Orléans, giành lại quyền kiểm soát triều đình của vị vua điên Charles VI của Pháp. Chính sách nối lại tình hữu nghị với vương quốc Anh không phù hợp với những tham vọng chính trị của Louis, và vì lý do này ông ta cảm thấy đã đến lúc cho phép Henry trở lại Anh.[71] Với một lực lượng nhỏ những người đi theo, Bolingbroke đổ bộ lên Ravenspur thuộc Yorkshire vào cuối tháng 6 năm 1399.[72] Người trên khắp đất nước sớm tụ tập xung quanh vị Công tước. Gặp Henry Percy, Bá tước Northumberland, người đang có mối lo âu về nhà vua, Bolingbroke nhấn mạnh rằng mục tiêu duy nhất của ông là giành lại tài sản riêng của mình. Percy dẫn ông ta đi theo lời ông ta và từ chối can thiệp.[73] Nhà vua đã đem hầu hết các hiệp sĩ trong tư gia và các thành viên trung thành trong giới quý tộc tới, nên Henry không gặp nhiều sự kháng cự trong quá trình tiến quân về phía nam. Edmund xứ Langley, Công tước York, người nắm quyền Trông giữ Vương quốc, không có nhiều sự lựa chọn khác ngoài phụ họa với Bolingbroke.[74] Trong lúc đó, Richard bị chậm bước khi trở về từ Ireland và không đổ bộ lên được Wales cho đến ngày 24 tháng 7.[75] Ông đi đến Conwy, nơi mà ngày 12 tháng 8 ông gặp Bá tước Northumberland để đàm phán.[76] Ngày 19 tháng 8, Richard II đầu hàng Henry tại Lâu đài Flint, hứa sẽ thoái vị nếu mạng sống của ông được bảo đảm.[77] Hai người sau đó quay trở lại London. Khi đến nơi, ông bị bỏ tù trong Tháp London ngày 1 tháng 9.[78]

Henry bấy giờ quyết tâm giành lấy ngai vàng, nhưng để trình bày lý do của hành động này là vấn đề nan giải.[3] Lập luận rằng Richard, bởi sự chuyên chế và cai trị tồi tệ, đã thể hiện rằng ông không xứng đáng làm vua.[79] Tuy nhiên, Henry không phải người tiếp theo trong danh sách kế vị ngai vàng; người thừa kế hợp pháp là Edmund Mortimer, Bá tước March, hậu duệ của con trai thứ ba của vua Edward III, người thứ hai còn sống tới tuổi trưởng thành Lionel xứ Antwerp. Cha của Bolingbroke, John xứ Gaunt, là con trai thứ tư của Edward III, người thứ ba sống tới tuổi trưởng thành.[80] Vấn đề được giải quyết bằng cách nhấn mạnh rằng Henry là con cháu dòng nam trực hệ, trong khi gốc gác của March lại thông qua bà của ông.[f] Báo cáo chính thức về sự kiện tuyên bố rằng Richard tự nguyện nhường ngôi cho Henry ngày 29 tháng 9.[81] Mặc dù có thể đây không phải là nguyên do, Nghị viện họp vào ngày 30 tháng 9 đồng ý Richard thoái vị. Henry làm lễ gia miện, tức vua Henry IV ngày 13 tháng 10.[82]

Cách giải quyết cuộc sống của Richard sau khi từ ngôi là không rõ ràng; ông vẫn ở trong Tòa Tháp cho đến khi được đưa tới Lâu đài Pontefract không lâu trước khi hết năm.[83] Mặc dù Vua Henry có thể phải có trách nhiệm để ông sống, tất cả thay đổi khi phát giác ra chuyện các bá tước Huntingdon, Kent và Salisbury cùng Lãnh chúa Despenser, và có thể còn là Bá tước Rutland – all now demoted from the ranks they had been given by Richard – đang lập kế hoạch mưu sát tân vương và lập lại Richard trong Cuộc nổi dậy Epiphany.[84] Mặc dù bị ngăn chặn được, kế hoạch nói lên sự nguy hiểm nếu cho phép Richard được sống. Ông bị cho là đã bị bỏ đói đến chết trong tù khoảng ngày 14 tháng 2 năm 1400, mặc dù còn một số nghi vấn về ngày giờ và cách chết của ông.[3] Di thể ông được đem về phía nam từ Pontefract và trưng bày tại Nhà nguyện old St Paul ngày 17 tháng 2 trước khi đưa đi an táng tại Nhà thờ Kings Langley ngày 6 tháng 3.

Tin đồn rằng Richard vẫn còn sống tiếp tục dai dẳng, nhưng không bao giờ có được sự tin tưởng ở nước Anh;[85] tuy nhiên ởScotland, một người đàn ông được xác định là Richard đã rơi vào tay Nhiếp chính Albany, cư trú tại Lâu đài Stirling, và có lẽ là – bù nhìn – miễn cưỡng của những người chống đối Lancastrian và mưu đò Lollard ở Anh. Chính phủ của Henry IV coi ông ta là một kẻ mạo danh và nhiều nguồn tin từ cả hai bên biên giới đưa ra giả thuyết rằng ông ta có bệnh tâm thần, người ta cũng mô tả ông ta như một "thằng ăn xin" khi ông ta chết năm 1419, nhưng ông ta được an táng theo nghi lễ dành cho quốc vương tại Tu viện địa phương Dominican ở Stirling. Trong khi đó, năm 1413 Henry V – trong một nỗ lực nhằm chuộc lỗi cho hành động giết người của phụ thân và cũng để bịt miệng những tin đồn rằng Richard còn sống – đã quyết định đưa di thể tại King's Langley dời đên nơi an nghỉ cuối cùng tại Tu viện Westminster. Ở đây chính Richard đã cho xây dựng một ngôi mộ sẵn cho mình, nơi hài cốt của vợ ông Anne được chôn.[86]